吐鲁番地区自古以来，不仅是一个多民族地区，也是一个多宗教地区。历史上在这里流行的宗教有萨满教、祆教、佛教、道教、摩尼教、景教、伊斯兰教、基督教等。其中萨满教、祆教、摩尼教、景教等已经消失，而佛教、道教、伊斯兰教，基督教一直流传至今。 

吐鲁番是伊斯兰教传入较早，影响较为深远的地区之一。目前，伊斯兰教是吐鲁番地区最大的宗教，为维吾尔、回、哈萨克等7个民族所信仰，人口总数467040人，约占地区总人口的74.98%。吐鲁番地区有伊斯兰教宗教活动场所957座，其中，主麻以上清真寺349座，回族清真寺55座，基督教活动堂点19处，宗教教职人士1159人。 

吐鲁番地区历来十分重视对爱国宗教人士的培训工作，坚持地区集中培训，县、乡、村定期学习培训和根据形势任务进行特殊培训三个层次的培训格局，结合地区实际将自治区4年一轮爱国宗教人士培训改为2年一轮，认真组织开展宗教人士培训，截至目前，已完成13期培训班，培训人数910人次。